Inspektorat Jenderal Depkes tidak terbentuk bersamaan dengan berdirinya Depkes. Fungsi pengawasan di lingkungan Depkes sampai dengan periode Pra Pelita belum berjalan efektif.
Berdasarakan Keputusan Presiden No. 170 tahun 1966 tanggal 1 Agustus 1966 tentang Struktur Organisasi Departemen Inspektorat Jenderal hanya diadakan pada Departemen yang memeriksa karena luas tugas dan kompleks administrasinya.
Saat itu fungsi pengawasan di Depkes yang merupakan unit pengawasan keuangan dibebankan pada suatu Bagian Pengawasan yang berada di bawah Biro Logistik Setjen Depkes.